মাদরাসাতুস সুন্নাহর সিলেবাস এমনভাবে সাজানো হয়েছে, যাতে একজন শিক্ষার্থী মাধ্যমিক স্তরের শিক্ষা সম্পন্ন করার পাশাপাশি কুরআনুল কারীম হিফয করবে এবং মৌলিক জাগতিক জ্ঞান সম্পন্ন আলেমে দীন ও দা’ঈ ইলাল্লাহ তৈরি হবে, অপরদিকে মৌলিক দীনি জ্ঞান সম্পন্ন জেনারেল শিক্ষিত নাগরিকও তৈরি হওয়ার পথ খোলা থাকবে।
এর প্রক্রিয়াটা হবে, নির্দিষ্ট স্তরে পৌঁছার পর শিক্ষার্থী একদিকে যেমন মাদরাসাতুস সুন্নাহতেই উচ্চতর মাদরাসা শিক্ষায় নিয়মিত হতে পারবে (এবং ততক্ষণে দীনি বিষয়ের পাশাপাশি শিক্ষার্থীর জাগতিক বিষয়সমূহ সম্পর্কে প্রয়োজনীয় ধারণা অর্জিত হয়ে যাবে। ফলে তার যুগসচেতন আলেম ও দা’ঈ হওয়ার ভিত রচিত হবে); অপরদিকে রুট পরিবর্তন করে পুরোপুরি জেনারেল শিক্ষাধারায়ও অগ্রসর হতে পারবে। এক্ষেত্রে মাদরাসাতুস সুন্নাহর অর্জন হবে তাকে হিফয, বেসিক ইসলামিক নলেজ ও অ্যারাবিক ল্যাঙ্গুয়েজে সমৃদ্ধ করার মাধ্যমে দীনি শিক্ষার ভিত গড়ে দেওয়া।